Flaxanden est connu pour avoir abrité un important centre néolithique de même qu’un petit établissement rural gallo-romain.

Notre village apparaît dans les archives la première fois dans une charte de 792 , où l’on mentionne l’échange de biens par le prieur de Murbach

Il constitue ensuite le berceau de la famille noble des Flachslanden (citée de 1185-1825), qui se fait tout d’abord connaître comme ministérielle des comtes de Ferrette. Deux membres de cette famille deviennent respectivement bourgmestre et chanoine à Bâle en 1460. Au cours de son existence, elle se mettra successivement au service de l’évêque de Bâle, du duc d’Autriche et du roi de France.

Vers 1368, le village devient possession des nobles de Masevaux, qui le reçoivent des Habsbourg. Comme le prouvent des archives du XVe siècle, il aurait comporté alors un château dont il ne subsiste aucun vestige à ce jour et mais beaucoup d’interrogations.

Il reste cependant un bel éventail de maisons en pierres antérieures à la guerre de Trente Ans (1618-1648).

Même si pendant la guerre de Trente Ans, le village est décimé.

Il passe ensuite successivement aux mains des Bollwiller (1573), des Fugger (1620), des Rosen (1639), et enfin de la famille de Broglie en 1779, quelque temps avant la Révolution française.

À partir des années 1850, Flaxlanden voit arriver de nombreux ouvriers du textile, attirés par l’industrie mulhousienne, qui deviennent finalement majoritaires au sein de la population.

Pendant la Première Guerre mondiale, Flaxlanden eut beaucoup à souffrir, notamment au cours de la bataille du 19 août 1914 où 300 soldats allemands et plus de 600 hommes du 97e régiment d’infanterie de Chambéry laissèrent leur vie sur les pentes du Geissberg, ainsi qu’un haut gradé français, le général Plessier. Les noms de plusieurs rues de Flaxlanden rappellent ce triste épisode.